生物多様性情報の標準データフォーマットDarwin Core Archiveと生態学データに適合させる拡張形式"Sample-based Data"
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2017/12/9GBIFワークショップ 21世紀の生物多様性研究「生物多様性情報の標準化と利便性」のスライドです。
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生物多様性情報の標準データフォーマットDarwin Core Archiveと生態学データに適合させる拡張形式"Sample-based Data"
- 1. 生物多様性情報の 標準データフォーマット Darwin Core Archiveと 生態学データに適合させる拡張形式 "Sample-based Data" （研）農研機構 農業環境変動研究センター GBIF日本ノードJBIF 大澤 剛士
- 3. アウトライン ・前説 ・Darwin Coreの利点と弱点 ・新形式Sample Based Data ・今後の期待
- 4. ・前説 ・Darwin Coreの利点と弱点 ・新形式Sample Based Data ・今後の期待
- 5. 前説 大澤 剛士（OSAWA Takeshi） ・(研) 農研機構 農業環境変動研究センター主任研究員 ・GBIF日本ノードJBIF ノード運営委員 ・オープンデータ、 生物多様性情報学の普及に奮闘中
- 11. ・前説 ・Darwin Coreの利点と弱点 ・新形式Sample Based Data ・今後の期待
- 15. なぜ標準データ形式？（Darwin Core） A学校の身体測定 B学校の身体測定 身長 aaセンチ 体重 Aaキログラム 視力 A.A 身長 (cm) 体重 (kg) 視力 bb Bb B.B 学校名 A小学校 B小学校 身長（cm） Aa Bb 体重（kg） Aa Bb 視力 A.A B.B 哲学のない客観事象の統合。記述方法 （データフォーマット）を統一することで統合できる 身体測定データベース
- 16. 標準データ形式のご利益 採集日 2017/12/9 種名 カハク虫 採集者 大澤剛士 採集した日 種の 名前 採集した人 9. Dec. 2017 カハク チョウ T.Osawa データＩＤ 1 2 採集年月日 2017/12/09 2017/12/09 種名 カハク虫 カハクチョウ 採集者 大澤剛士 大澤剛士 生物多様性データについても同様 生物多様性データベース
- 23. Darwin Coreの弱点 ©農業環境変動研究センター（のうかんけん） ©総合地球環境学研究所（ちきゅうけん） 種Aが6個体、種Bが4個体 ＝合計10個体（レコード） 4レコード 6レコード
- 29. ・前説 ・Darwin Coreの利点と弱点 ・新形式Sample Based Data ・今後の期待
- 30. Darwin Coreの新形式 Sample Based Data “ややこしい”データに対応できる新形式 2015年正式リリース 新しいコア・ファイルを開発
- 31. Darwin Coreの構造
- 32. Darwin Coreの構造
- 33. コアファイル ・オカレンス・コア→個体の在データ ・タクソン・コア→種のデータ ・イベント・コア→本日の主題 ●Darwin Coreのコアファイル コアファイルによって “何のデータか”を定義する
- 34. コアファイル ・オカレンス・コア→個体の在データ ・タクソン・コア→種のデータ ・イベント・コア→本日の主題 ●Darwin Coreのコアファイル コアファイルによって “何のデータか”を定義する
- 40. イベント・コアの中身 必須項目 概説 eventID ユニークID eventDate イベントを実施した日時 samplingProtocol イベントの実施方法 “イベント”ごとに生物データが付く
- 44. 具体例 屋久島における蜘蛛の長期観測 “トラップ１個”が単位 https://www.gbif.org/dataset/f851fd75-32b2-4a23-8046-9c8ae7013a3c
- 46. イベント・コアの中身 必須項目 概説 eventID ユニークID eventDate トラップを回収した日時 samplingProtocol トラップ調査について詳細 トラップのサイズ等の規格 回収インターバルを明記
- 48. ・前説 ・Darwin Coreの利点と弱点 ・新形式Sample Based Data ・今後の期待
- 49. Sample Based Dataの現状 これを適用したデータペーパー 現時点で演者は2本公表しています Osawa et al.(2017）Biodiversity Data Journal 5: e14789. https://bdj.pensoft.net/articles.php?id=14789 →屋久島におけるクモのトラップデータ 大澤・和田（2016）Bird Research R1-R8. https://www.jstage.jst.go.jp/article/birdresearch/12/0/12_R1/_article/-char/ja/ →駅舎におけるツバメの営巣データ
- 51. Take Home Messages ・Darwin Coreはもともと個体／種を単位とした形式 ・これを”調査”を単位にする新形式がSample Based Data ・モニタリングとかトラップとか生態学データも容易に記述 国際的に期待されている ・みんなで試してみましょう！
- 52. より詳しい内容は下記論文 大澤剛士・戸津久美子（2017） 「生物多様性情報の標準データフォーマットDarwin Core Archiveと生態学データに適合させる拡張形 式 "Sample-based Data"」 保全生態学研究. JBIFのwebサイト上でもポストプリントを公開しています。 http://www.gbif.jp/v2/library/library_nov2017.html