La subordinata in questione "...se fossi/eri disponibile dopo" è un'interrogativa indiretta. Le regole grammaticali "classiche" raccomandano che nelle interrogative indirette si usi sempre il congiuntivo, per cui la versione corretta dovrebbe essere:
Sì, questo l'ho capito, per questo ti ho chiesto se fossi disponibile dopo
Ahimè l'uso ha fatto sì che nelle interrogative indirette si diffonda sempre di più l'indicativo, specialmente quando si tratta di una domanda di cui si conosce già la risposta. Questa pratica, originaria della lingua parlata, si sta spargendo un po' anche nella lingua scritta e finanche in registri relativamente alti.
Il mio consiglio personale è di usare sempre il congiuntivo (che è sempre corretto), ma di essere tolleranti quando si sente usare l'indicativo perché la grammatica è viva, che ci piaccia o che non ci piaccia.