Bioinformatiker*in/Data Scientist (m/w/d)

Die HAWK ist eine staatliche Hochschule in Niedersachsen mit mehr als 6.000 Studierenden. Die Hochschule ist regional verankert und darüber hinaus national sowie international hervorragend vernetzt. Eine Basis dafür sind sicher auch ihre Wurzeln, die zum Beispiel am Standort Holzminden bis ins 19. Jahrhundert zurückreichen.

An Der HAWK Hochschule Hildesheim/Holzminden/Göttingen Ist An Der Fakultät Ingenieurwissenschaften Und Gesundheit Am Standort Göttingen Zum 01.09.2024 Folgende Auf 3 Jahre Befristete Stelle Zu Besetzen

Bioinformatiker*in (m/w/d)/Data Scientist (m/w/d)

(E 13 TV-L, Vollzeit)

Im Rahmen des DFG-Projekts FLIX-Nanopore erforschen wir eine innovative Methode zur In-vivo-Kartierung von Transkriptionsfaktor-DNA-Interaktionen unter Verwendung von Femtosekundenlaser-Quervernetzung und fortschrittlicher Nanoporen-Sequenzierung zur Untersuchung von Genregulationsnetzwerken.

Ziel des Projekts ist es, Informationen von DNA-Protein-Interaktionen (Modifikationsanalyse) und Long-Read-Sequenzierungsdaten zu kombinieren, um eine neue Methode zur Erforschung genomischer Strukturinformationen zu etablieren.

Aufgaben

• Etablierung eines schlüssigen Analyse-Workflows von Long-Read-Sequenzierungsergebnissen in Zusammenarbeit mit Naturwissenschaftler*innen (m/w/d) sowie Benchmarking von Pipelines für die Vorverarbeitung und Analyse von DNA-Datensätzen (GWAS, WES, WGS)
• Vorbereitung der Analyse und Validierung von Genomsequenzierungsergebnissen
• Entwicklung und Implementierung von neuen bioinformatischen Arbeitsabläufen
• Durchführung von funktionellen und strukturellen genomischen Analysen zur Beantwortung molekularbiologischer/biomedizinischer Fragestellungen
• Verantwortung für die bioinformatische Analyse von Rohdaten der Nanoporen-Sequenzierung, Klassifizierung der Daten nach dem aktuellen Stand der Forschung und Erweiterung der Analysemethodik in Bezug auf Basecalling und Identifizierung von Modifikationen
  
  

Profil

• Abgeschlossenes Studium (Master, Diplom, Promotion) im Bereich Computational Biology, Bioinformatik, Informatik, Biologie oder einer verwandten Disziplin mit einschlägiger Berufserfahrung in den Bereichen Genomik, NGS (Next Generation Sequencing) und Bioinformatik
• Praktische Erfahrung in der Analyse von NGS-Daten (insbesondere Nanopore-Long-Read-Sequenzierung) und der Entwicklung bioinformatischer Methoden in diesem Arbeitsbereich
• Solide Programmiererfahrung und umfassende Kenntnisse in der Verwendung gängiger Skriptsprachen (R, Python, C++ usw.) sowie Hintergrundwissen im Bereich Deep-Learning-Netztraining
• Erfahrung mit Git, Linux, mit Hochleistungsrechnern sowie in der Vorverarbeitung und Analyse von Hochdurchsatzdaten
• Kenntnisse über statistische Methoden im Zusammenhang mit biologischen Systemen
  
  

Wünschenswert

• Erfahrung im Umgang mit biologischen Datenbanken
• Fachwissen über Transkriptomik-, Proteomik- oder Multiomik-Daten
• Kenntnisse im Aufbau von Analysepipelines (Snakemake, Nextflow)
• Begeisterung für die Genomanalyse im Rahmen der Grundlagenforschung und Interesse an deren Weiterentwicklung
• Unterstützung bei der Analyse und Interpretation von Bulk- und Single-Cell-Sequenzierungsdaten sowie der Formulierung von weiteren Hypothesen/Forschungsfragen
  
  

Es besteht die Möglichkeit zur Promotion.

Wir bieten

Die HAWK versteht sich als ein Ort der Chancenermöglichung. Daher wird auch von Seiten der Person, die die Stelle ausübt, ein gleichstellungsorientierter und vielfaltsfreundlicher Umgang im Kollegium und mit den Studierenden vorausgesetzt.

Als vielfaltsfreundliche Hochschule wünschen wir uns ebenso Mitarbeitende, die unterschiedliche Lebenshintergründe mitbringen. Daher sind Menschen aus unterrepräsentierten Gruppen besonders zur Bewerbung aufgefordert. Unsere Hochschule fördert die Vereinbarkeit von Familie und Beruf unter anderem durch sehr flexible Arbeitszeitmodelle. Auf diesbezügliche Fragen geben Ihnen das Gleichstellungsbüro und der Personalrat gern Auskunft.

Personen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung nach Maßgabe der einschlägigen Vorschriften bevorzugt berücksichtigt. Zur Wahrung Ihrer Interessen teilen Sie uns bitte bereits in der Bewerbung mit, ob eine Schwerbehinderung/ Gleichstellung vorliegt.

Important note

Please be advised that a valid work permit for Germany is required for non-EU citizens. Unfortunately, applications without a valid work permit and sufficient German language skills may not be considered.

LNKD1_DE